Prova a mantenere i log i di elaborazione dello script cron, ad esempio reindirizzando l'output su un file, poi esamina i log controllando che l'esecuzione sia corretta e che le statistiche vengono elaborate all'ora impostata. Potrebbe anche darsi che l'elaborazione non venga completata o incontri degli errori.
Altri spunti dalla documentazione: http://docs.moodle.org/26/en/Statistics#Statistics_not_working.3F