Hola Caballero,
Las bases de datos (actividades) son unidades independientes y no pueden fusionarse con algún comando disponible en la interfase de Moodle.
Sin embargo, te propondría lo siguiente:
1) Una vez creadas las dos bases de datos, ingresa a la primera, y utiliza la modalidad de "Exportar entradas" del bloque "Administración".
2) Entra a la segunda y a través de la opción "Importar entradas", incluye lo exportado previamente.
Considera que no he probado este proceso, pero casi estoy seguro de que puede funcionarte.
Por otra parte, hasta donde yo sé, no es posible incluir un campo autonumérico, pues la intención de la actividad es que los alumnos sean quienes generen o incluyan la información de las bases, y no que la plataforma la cree.
Saludos