Hola. Para la serie 1.9 también hay un pequeño tutorial que comenta el modo adaptativo:
http://moodle19.mejorqueperdereltiempo.es/cuestionarios.html
Has de tener claro que en todo caso la nota mínima de la pregunta es 0, nunca se puede hacer que resten en esa serie. Si dependes de EducaMadrid, no hay nada que hacer ya que no se puede modificar el código.
Lo único que se me ocurre es que configures los cuestionarios para que no muestren la nota y que pongas la calificación de forma manual... Pero claro es un trabajo bastante pesado, dudo que te merezca la pena.
Un saludo. Roberto