Ciao Nicola,
potresti copiare le password da un DB all'altro così come le trovi scritte SE le versioni Moodle sono abbastanza simili: quali sono, la sorgente e la destinazione?
Se gli utenti sono pochi puoi fare a mano altrimenti gestisci il tutto con uno script ad hoc per fare girare sul DB di destinazione una query del tipo:
UPDATE
mdl_user
SET
password = 'whatever_written_in_the_source_DB_given_the_username_in_the_target_DB'
WHERE
username='XYZ';
dove la password venga letta dal DB del Moodle "sorgente", data la username dell'utente.
HTH,
Matteo