A veces pasan situaciones muy aisladas cuyas consecuencias son como lo que te sucedió, personalmente alguna vez me sucedió que al eliminar algún recurso dentro de un curso, el script que se encarga de hacer todo consistentemente no lo hizo, y provocaba errores que dejaban inservibles un curso, aunque una vez logré corregirlo (o no se si fué cuestión de suerte), que cuando eliminé un foro no podía ingresar al curso salía el mensaje de "Error de programación debe ser revisado por un programador" o algo similar, para mi suerte poner inactivo el módulo que me trajo problemas al elminarlo y activarlo posteriormente solucionó el inconviente.
Son tantas las situaciones que se pueden dar, algunas veces no parecen muy lógicas otras si, por tal motivo es que mis copias automáticas de los cursos las ejecuto diariamente en hora de la madrugada para no afectar mucho a los usuarios, además cuento con una replicación de archivos y base de datos a un servidor VPS que tengo contratado, aunque hay mejores soluciones como trabajar con clusters, lo implementado es lo que está en nuestra posibilidad por el momento.
Saludos cordiales