Miguel
Gracias por darte tiempo de responder, te cuento que solucione el problema, este radicaba en que me faltaba agregar los permisos a los subdirectorios, lo solucione con un #chmod 777 /miruta/moodledata -R, después de eso reinicie el apache2 y posterior a eso el servidor, después de unos minutos el problema ya fue resuelto.
Saludos Cordiales