Ciao Mimmo,
il backup non terminato potrebbe essere correlato al raggiungimento di qualche limite durante l'esecuzione del cron script, come ad esempio il tempo massimo di elaborazione o la memoria utilizzabile dal processo PHP. Un parametro del php.ini che potrebbe influenzare la cosa è max_execution_time e potresti controllare se i valori fossero diversi tra i due server.
Ti segnalo alcuni link di seguito che spero possano esserti utili.
Al punto due, alcune indicazioni: http://docs.moodle.org/26/en/Backup_and_restore_FAQ#What_does_.22Some_of_your_courses_weren.27t_saved.21.21.22_mean.3F
Nel caso di file molto grandi: http://docs.moodle.org/26/en/Backup_and_restore_FAQ#I_have_a_very_large_course.2C_over_2GB.2C_and_the_backup_process_stops.