E' possibile che l'utente con il quale gira il processo del web server non abbia i corretti permessi di lettura/scrittura sulla cartella che hai creato: http://docs.moodle.org/26/en/Installing_Moodle#Create_the_.28moodledata.29_data_directory.
Tieni comunque presente che per installare Moodle su un servizio che soddisfi tutti i requisiti richiesti non è necessaria alcuna modifica al codice sorgente.