Ho provato facendo in questo modo
SET PATH = "C:\Program Files (x86)\PHP\v5.6"; // che sarebbe il mio percorso della cartella php
start php.exe -f c:\inetpub\vhost\mysito.it\admin\cli\cron.php > c:\inetpub\vhost\mysito.it\admin\cli\logcron.log
Ora funziona, ho visto che eseguiva tutte le istruzioni a riga di comanda, si è tolta pure la scritta nelle notifiche, la scritta che diceva che il cron non era stato eseguito da almeno 24 ore l'unica anomali che non mi ha scritto il file di log, lo ha creato ma è vuoto.
Sarà l'istruzione di scrittura del file errata? Ho visto che bastava mettere la parentesi angolare ">" con relativo percorso e nome del file.
Saluti