Hola Martín,
Yo lo he hecho con otro Tema y me ha funcionado bien.
En el Tema que yo uso, en la carpeta layout hay 3 archivos php. Uno para el frontpage (frontpage.php) otro para las páginas interiores (default.php) y el tercero para la página de login (login.php).
En los tres casos, hacia el final, en la zona 'FOOTER' se hace referencia al logotipo de moodle "moolelogo.gif"
Sustituí el logotipo en 'moodle/pix' por el de mi institución, haciéndolo del mismo tamaño que el de la imagen moodlelogo.gif, y además, le llamé de la misma forma, con objeto de no tener que modificar más cosas en los archivos php.
En cada uno de los tres archivos php mencionados, modifiqué lo siguiente:
<a href="http://www.midominio.com" target="_blank" title="Nombre de mi institución">
<div id="logo"></div>
</a>
Al añadir la opción target="_blank" ya el vínculo se abre en una pestaña nueva.
En cuanto a modificar colores, imágenes, etc, no he utilizado el tema que tú utilizas, pero todos son muy similares.
En mi caso he hecho modificaciones en los archivos css que se encuentran en la carpeta moodle/style. Concretamente en los archivos styles.css, settings.css y blocks.css para personalizar los colores a los corporativos de mi institución en los lugares que no es posible hacerlo desde la página de configuración del tema.
Espero te sea de utilidad.
JP