Hola, Macarena.
Aunque en mi institución no usamos este sistema y por tanto no te puedo hablar desde la experiencia propia, pero creo que no debería haber ningún problema, suponiendo que solo quieras usar Moodle (sin necesidad de páginas web externas). Solo serían necesarios dos pasos:
- La plataforma Moodle tendría que tener habilitado el auto-registro de usuarios. Cualquiera puede crearse su propio usuario, pero con ello no tendría acceso a los cursos de pago, aunque tal vez fuera interesante (desde el punto de vista de "marketing") que eso les diera acceso a algún módulo de prueba de algún curso, o algo parecido.
- El curso (o cursos) que vayan a ser de pago, tendría habilitada la "matriculación" basada en Paypal o el sistema que sea. Ya digo que eso no lo usamos en mi institución, pero si funciona como tengo entendido, es todo automático.
Otra opción distinta sería que el alta y pago se hiciera en una página web externa a Moodle, que tendría que guardar esos datos en algún tipo de base de datos. Si después configuras Moodle para que use "Identificación por Base de datos externa" y en los cursos que lo necesites, que usen "Matriculación por base de datos externa" ... pues sería todo también muy sencillo.
Saludos.