Pues buscando en la red, me he encontrado con este manual que adjunto
explica como instalar moodle 1.9 en windows server con IIS y mysql y php, si actualizas el IIS , la version de MYSQL y PHP, podras instalar versiones de moodle 2.x en mi caso instale el moodle 2.3 sin problemas en un windows server 2008