Я так понимаю после обновления процедуру необходимо повторять.
Нет, не всю процедуру, а только для файла lib/dml/moodle_database.php, кот. отвечает за список на странице "Действия над неск. польз"
ЗЫ: Откройте для себя GIT, тогда все локальные изменения в коде можно автоматически переносить из версии в версию при обновлении системы