Создаем локальный репозиторий с Moodle 2.6 в каталоге /var/www/moodle
$ cd /var/www/
$ git clone git://git.moodle.org/moodle.git //получаем репозиторий, автоматом создается каталог moodle
$ cd moodle
$ git branch --track MOODLE_26_STABLE origin/MOODLE_26_STABLE
$ git checkout MOODLE_26_STABLE
Этими командами вы получили репозиторий, создали локальную ветку MOODLE_26_STABLE, перешли в эту ветку
Дальше вносите свои изменения (удаляете что-то, добавляете) и эти изменения нужно "закоммитить", чтобы git их принял. Делаете так:
Заходите в каталог с MOODLE:
$cd /var/www/moodle
Смотрим, что изменилось:
$ git status
# On branch MOODLE_26_STABLE
# Your branch is ahead of 'origin/master' by 6 commits.
# (use "git push" to publish your local commits)
#
# Changes not staged for commit:
# (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
# (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working
#
# deleted: theme/fusion/config.php
# deleted: theme/fusion/lang/en/theme_fusion.php
# deleted: theme/fusion/layout/frontpage.php
# deleted: theme/fusion/layout/general.php
# deleted: theme/fusion/lib.php
# deleted: theme/fusion/pix/favicon.ico
# deleted: theme/fusion/pix/grad.png
# deleted: theme/fusion/pix/header-bg-sm.jpg
# deleted: theme/fusion/pix/header-bg.jpg
# deleted: theme/fusion/pix/header-center-sm.jpg
# deleted: theme/fusion/pix/header-center.jpg
# deleted: theme/fusion/pix/main-bg.gif
# deleted: theme/fusion/pix/menu-top.png
# deleted: theme/fusion/pix/screenshot.jpg
# deleted: theme/fusion/pix/side-bg.png
# deleted: theme/fusion/pix/side-start.png
# deleted: theme/fusion/settings.php
# deleted: theme/fusion/style/core.css
# deleted: theme/fusion/style/editor.css
# deleted: theme/fusion/style/menus.css
# deleted: theme/fusion/style/pagelayout.css
# deleted: theme/fusion/style/settings.css
# deleted: theme/fusion/version.php
#
# Untracked files:
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
# favicon.ico
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")
$git rm -r theme/fusion //рекурсивно удаляем каталог с темой fusion
$git add favicon.ico //добавляем иконку favicon.ico
$git commin -m "Delete theme fusion, add favicon" // Коммитим изменения
$ git status //Проверяем, что получилось
# On branch MOODLE_26_STABLE
# Your branch is ahead of 'origin/MOODLE_26_STABLE' by 6 commits.
# (use "git push" to publish your local commits)
#
nothing to commit, working directory clean
дальше получаем изменения из удаленного репозитория под названием origin
$ git fetch origin
remote: Counting objects: 2669, done.
remote: Compressing objects: 100% (365/365), done.
rReceiving objectemote: Total 1769 (delta 1354), reused 1759 (delta 1354)s: 70% (1239/1769), 280.00
Receiving objects:
Receiving objects: 100% (1769/1769), 369.63 KiB | 239.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (1354/1354), completed with 304 local objects.
From git://git.moodle.org/moodle
12efa52..f05e25d master -> origin/master
686364d..6370d31 MOODLE_25_STABLE -> origin/MOODLE_25_STABLE
0e088ae..9c1c9d8 MOODLE_26_STABLE -> origin/MOODLE_26_STABLE
После нужно сделать слияние своей ветки с удаленной:
$ git merge origin/MOODLE_26_STABLE
Все команды нужно выполнять, находясь в каталоге с локальной веткой MOODLE_26_STABLE
В доках moodle на всё обновление одна строчка написана "наберите git pull"
Они же не знают, что вы будете делать изменения в каталоге MOODLE, а pull одновременно получает изменения из удал. ветки и делает слияние. Естественно, в вашем случае слияние невозможно, т. к. есть изменения в локальном репозитории.