Instalación y Actualización

Buen día.

No debes sobreescribir la versión Moodle 2.5 con la 2.6 ya que son ramas diferentes y el actualizador te mostrará que existe código mezclado.

La actualización depende de si tienes instalado Moodle 2.5 en la raíz de tu sitio o en una carpeta, de si tienes extensiones no estándares de Moodle, etc.

Aparte de realizar las copias de seguridad de ficheros y base de datos debes revisar previamente si las extensiones (módulos, plugins, plantillas, etc.) que usan existen en la rama 2.6 ya que en caso contrario aunque se realiza la actualización no podrás usarlas.

Dispone de una ayuda muy completa en la propia wiki de Moodle en

http://docs.moodle.org/all/es/Actualizaci%C3%B3n_de_moodle
y 
http://docs.moodle.org/26/en/Upgrading

Revisa primero el proceso y nos comentas cualquier duda.

Un saludo.