Ol@,
Apenas semântica e padrão de código. Há algumas versões do Moodle tínhamos a classe $module que era usada mais em Recursos e Atividades e $plugin que era mais usada em filtros, autenticação, e outros módulos.
Depois de um trabalho longo durante a 2.5 e concluído na 2.6, foi possível padronizar melhor esse uso, se recomendando se usar sempre as classes $plugin.
Recomendo que você comece pela parte do Moodle Docs para desenvolvedores (http://docs.moodle.org/dev/Main_Page), especialmente essa página: http://docs.moodle.org/dev/NEWMODULE_Documentation .
[]'s
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Gleidson Medeiros
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