A děje se tak ve všech formulářích s HTML editorem nebo jen v některých? (třeba jen v popisu Úkolu apod.)
Při upgrade z 1.9 na 2.x se vytváří pro všechny texty editovatelné přes TinyMCE zvláštní příznak, který obsahuje formát textu. U tebe se evidentně stalo to, že formát byl chybně detekován jako "Moodle auto-formát", pro který se HTML editor TinyMCE nezobrazuje.