Ověřoval jsem to a máte pravdu - multimediální filtr nefunguje, pokud je slasharguments vypnuto Situace bude pravděpodobně řešena ve verzi 2.3 (vyjde v červnu-červenci 2012), celý filtr je momentálně přepisován.
Jako řešení vaší situace bych vám doporučoval pátrat v konfiguraci IIS - bylo mi řečeno, že by jej mělo jít nastavit tak, aby Moodle fungoval i se zapnutými slasharguments. Vesměs potřebujete, aby URL pro Moodle nepřekládal do znakové sady souborového systému - zřejmě Windows-1250, ale ponechal je v UTF-8:
Pokud je slasharguments vypnuto, Moodle generuje URL k souborům ve formátu
/pluginfile.php?file=/101/mod_workshop/submission_content/1/žluťoučkýkůň.jpg
tedy umístění a název souboru jsou předány přes HTTP/GET parametr "file". Zapnutí slasharguments způsobí, že Moodle generuje URL k souborům ve formátu
/pluginfile.php/101/mod_workshop/submission_content/1/žluťoučkýkůň.jpg
kde se umístění a název souboru tváří jako součást cesty k souboru. IIS v takovém případě převede ne-asii znaky do kódování souborového systému - u vás zřejmě Windows-1250 (alespoň takto mi byla situace vysvětlena, jak jsem koupil, prodávám - tedy bez záruky).
Více na Google - "IIS PATH_INFO encoding" jsou slibná klíčová slova pro začátek.