JavaScriptで、CLOZEに変換するとは、なかなか興味深いですね。
私も以前CLOZEの小テストを大量につくったとき、面倒な思いをしました。
CLOZEの書式は、CLOZEの小テスト問題をつくるときの画面中のヘルプである程度測できますね。（もしかしてもっと詳しい定義があるのでしょうか。）
%100%のところは、正解を複数用意して、50%配点とかにできるんですよね。正解は緑、間違いは赤、中間点は黄色で、解答結果が示されます。
普段 サクラエディタを使うことが多いので、改めて何かいい方法がないか調べていたら、
http://www.geocities.jp/maru3128/sakura_bbs.html#M0170
選択範囲をブロックコメントアウトするためのスクリプトがありました。
（改行の処理はちょっと今回関係ないかもしれませんが）
スクリプト中の/*を{1:SHORTANSWER:%100% に替え、*/を} に替えることで、文章を作成しておいて、１カ所ずつですが、正解にしたい単語を選んで、簡易的に置換することができます。