Hm, tak to bych trochu zapátral, jak se ti taková věc stala. Pokud nevíš, nemůžeš si být jist, že se to nebude někde opakovat...
Vřele doporučuji získávat zdrojové kódy přes CVS nebo git, jak je popsáno v dokumentaci pro správce (nejlépe anglické). Nejenže se výrazně usnadňuje celá procedura upgrade, ale zároveň CVS hlídá všechny případné lokální modifikace kódu. Takže takové zkrácení souboru na nulovou délku nebo případný škodlivý kód vložený útočníkem na tvůj Moodle se mnohem snadněji identifikují.
--mudrd8mz