> bude uložen v adresáři Moodlu,
> takže při upgradu o něj stejně přijdu.
Ale při upgrade přece není potřeba stávající soubory odstraňovat. Adresář s instalací se prostě přepíše novou verzí. A protože je vlastní motiv v samostatném adresáři, tak se nepřepíše.
Já navíc s oblibou používám instalaci z CVS repozitáře. Nejenže se stahuje mnohem menší množství dat (v podstatě jen změny), ale CVS umí i sledovat mé případné lokální úpravy kódu a ve většině případů je umí sloučit i s novou verzí. Takže bych - v tomto případě - nepřišel ani o ty lokální úpravy standardního motivu.