Prezado,
Tive um problema semelhante, mas descobrimos que o erro não era do moodle, mas sim do apache ou php (não me lembro bem de qual?). No nosso caso, qdo fazia o upload de arquivo, ele aumentava de tamanho no servidor (duplicava certas partes de arquivos). Faça o teste seguinte: faça o upload de um arquivo em html simples, depois observe se parte dele foi duplicada. Se acontecer isso, acredito que se trata do mesmo problema que tivemos
Na época achava que o problema era do moodle, mas este erro ocorria com outros softwares, inclusive, ao anexar arquivo em email.
Atenciosamente,
José Weber Pereira