Скорее всего в 64-битной кодировка типа "char/0x0410" другая.
И Word, и MathType на обоих ОСях - одной и той же версии 32bit, устанавливались из одних и тех же дистрибутивов. Кодировка типа "0x0410" - юникодная, Вордом, MathType’ом и др. должна распознаваться абсолютно одинаково.
Я грешу на то, что сама Windows7 при вводе символов с клавы перекодирует их, надо сравнивать реестр (…\Nls\CodePage), ИМХО.