Hola, en base a mi poca experiencia en integración moodle con aplicaciones externas te recomiendo que toda manipulación de datos lo hagas desde el mismo moodle utilizando su API.
Para el caso concreto de crear usuarios y/o registrar en un determinado curso lo puedes hacer utilizando los servicios web que el mimos moodle ya los tiene solo debes habilitarlos y llamarlos desde cualquier aplicación externa.
Saludos.