Ciao Andrea,
i temi per la versione 1.9 di Moodle non sono compatibili con la versione Moodle 2.x, i temi in questione vanno aggiornati in accordo alla nuova struttura. Nella documentazioni trovi una serie di informazioni utili per ricreare il tuo tema: http://docs.moodle.org/dev/Themes_overview