顛末です．結果的にOKになったようです．
-動いているバージョン(2005051500)にmoodleとMySQLのデータをもどす．
-各コースのバックアップを行う．
-新しいバージョンを新規にインストール．および，moodleのデータベースも新規につくる．
-リストア機能で，各コースデータを読み込む
という感じでした．
ただし，いくつかのRecent_Activityとカレンダーに関するPHPのエラーがでていたのですが，
今日最新のMOODLE_15_STABLEをCVSから入れて，エラーはなくなりました．
いくつかのデータはバックアップされていず，（バックアップしたのに，バックアップデータに含まれていない．），失われたのですが，最小限に食い止められました．
ありがとうございました．
バックアップに関する疑問もあるので別トピックで出したいと思います．