Hola, según mi poca experiencia con moodle te puedo comentar lo siguiente.
También estoy trabajando con moodle y .net. + SQL server.
Lo que intentamos hacer es que todas las funcionalidades que necesitamos lo haga el mismo moodle a través de sus servicios web que ya tiene expuestos y de ser el caso que no tuviera alguna funcionalidad pues crearla y exponerla como servicio web dentro del mismo moodle.
Luego desde .Net, invocas a los servicios web de moodle según tus necesidades (listar datos, eliminar datos, etc.)
Espero mi comentario te sea de ayuda.