1. Создание курсов по файлам CSV в Moodle 2.6 см. в Администрирование - Курсы -Upload courses.
2. Не могу представить, что структура факультетов, кафедр и пр. меняется насколько быстро и часто, что внесение этих изменений в Moodle целесообразно автоматизировать.