Получилось сделать следующим образом: создал новый пустой курс, в него из старого курса импортировал данные.
Когда импортировал в настройках отметил галочкой "Включить элементы курса". "Включить блоки" и "Включить фильтры" - отключил. Если оставить включенным всё, то новый курс получается опять курсом без блоков.