Ciao Luka,
non so quanto sofisticate possano essere le funzioni di indicizzazione che richiedi, in assoluto se la cosa non è troppo complessa potresti anche strutturare un corso Moodle in proposito e poi avvalerti della Gloabl search di Moodle quando sarà disponibile: http://docs.moodle.org/dev/Global_search_(GSoC2013)
In alternativa se ti occorre una sistema di gestione documentale potresti provare a valutare prodotti esterni a Moodle, ad esempio una possibilità è Alfresco.