色々と調べていると、flowplayerをOFFにすると
HTML5のオーディオプレイヤーが表示されるようになりましたが、
プレイヤーの大きさ的にはちょうどいい感じだったのですが
HTML5のプレイヤーには大きな欠点があり、そもそもの音声ファイルを
ダウンロード出来てしまう事です。
（ユーザには音声ファイルはダウンロードされては行けない為、利用はNGとなりました。）
Moodleの1.x台にはFlashのプレイヤーにはswfファイルと同じディレクトリに
flaファイルがあったのでそこからプレーヤーの大きさを変えてswfを生成していましたが
現状のMoodle3.xにはflaがないので、swfファイルが作れなくなりました。