Победил проблему.
Это задокументированные баги:
https://tracker.moodle.org/browse/MDL-33877
https://tracker.moodle.org/browse/MDL-33464
Видимо, не до конца их пофиксили. Проявились на moodle 2.4.6.
Обратите внимание на iteminstance 2 и другие с пустыми itemname на картинке в посте от 24 Сентябрь 2013, 19:13. Записи дублируются, и апгрейд задания тоже эту проблему не фиксит. Удалил дубли, перепроставил оценки.