Hola Carlos,
pues la respuesta depende de la versión de Moodle que estés utilizando. Las anteriores a la 1.4.3 (si no me falla la memoria), utilizaban una librería para manejar los zips, que presentaba algunas incompatibilidades entre sistemas distintos. A partir de dicha versión, esa librería fue actualizada y se consiguió que los ficheritos zip fueran compatibles entre todos los sistemas y herramientas.
La forma más rápida de saber si el zip es correcto o no, es intentar descomprimirlo con el Winzip o, si estás bajo linux, con el unzip. Si estos te dan problemas, es que el zip que has generado esta corrupto.
Si es así, te recomiendo que actualices a la 1.4.5+ y lo intentes de nuevo (incluso creando el backup otra vez).
Por último, comentarte que, además de exisitr esa librería interna de Moodle, puedes configurar el sistema para que utilice ejecutables externos para comprimir y descomprimir y, sobre todo bajo linux, su utilización es recomendable, ya que consumen muuucha menos memoria y son más rápidos y consistentes. Para utilizarlos puedes configurar las variables "zip" y "unzip" en Administración/Configuración/Variables con la ruta completa a los ejecutables zip y unzip de tu SO.
Ciao
