Hola Carlos,
Con respecto al tema que le da título a esta discusión, creo que hay dos caminos:
1) Crear un "index.html" con un formulario de "login", colocarlo tal vez en la raíz del servidor y dirigirlo a una subcarpeta en donde se encontraría la instalación de Moodle. Al respecto, esto te puede servir.
2) Crear un tema con una página "frontpage.php" o, en su defecto, con una "login.php". Aquí y aquí hay elementos que te pueden orientar.
Finalmente, desde mi punto de vista La sustitución del "index" de Moodle no es un camino recomendable.
Saludos
PD Trata de no colocar varias preguntas no relacionadas entre sí, en un mismo post. Dada la naturaleza del medio es mejor publicar un mensaje por problema.