Hola
Con preguntas de emparejamiento NO es posible hacerlo, cualquier acierto parcial siempre sumará ya que con este tipo de pregunta No es posible hacer que los errores descuenten, sólo puede hacerse con preguntas de elección múltiple. Este tutorial lo explica muy bien:
http://moodle.mejorqueperdereltiempo.es/cuestionarios_con_penalizacin.html
Tendrás que cambiar la estrategia de preguntas o calificar los cuestionarios de forma manual (o cambiar las normas institucionales, que tampoco está escritas en piedra, digo yo).
Un saludo