Hola Hernán,
Desde mi punto de vista no hay mucho que hacer.
Puede haber una remota posibilidad de enmendar el error, es si no se modificó (actualizó) la base de datos.
El problema es que sigues escribiendo en ella (parece que sigues en producción).
Tal vez si colocas la plataforma en modo de mantenimiento, respaldas los cursos manualmente y los restauras en una nueva instalación (no sé si 2.1 ó 2.5, habrá que probar), puedas seguir adelante con la confianza de que todo funcionará adecuadamente.
Saludos