Captivate кроме swf-файла создает еще html, который имеет ссылку на этот swf и задает его точный размер (1:1, как было при захвате), и еще файл js без которого swf не воспроизводится. Вот все три файла я и загружаю в Moodle в ресурс типа файл и главным назначаю html.
Дело в том, что часто в роликах Captivate присутствуют шрифты толщиной один пиксель. Если такое изображение хоть немного сжать или растянуть, то качество сильно страдает.