Артём, забудь про html+java из Captivate, оставь только swf, он нормально будет воспроизводиться сам по себе, вставленный в страницу.
В этом уроке есть текст, к которому дополнительно нужно прикрепить flash-ролик
Вот и создай ресурс "Страница", набери в ней текст, а в нужном месте вставь ролик через кнопку "Moodle медиа", только не забудь переключиться в "Редактировать HTML-код" и добавить в конце ссылки на swf-файл свои размеры: <a href="link-to-some-flash-file.swf?d=800x600">Ролик.swf</a>
Можно не пользоваться кнопкой "Moodle медиа", а просто некий текст сделать ссылкой на swf-файл, разницы нет.
Ещё, как вариант, можно использовать другие программы, позволяющие создавать ролики в формате FLV, в Moodle они проигрываются плеером flowplayer, в кот. можно переключаться в полноэкранный режим.
А вот как загрузить на сайт 3 файла в одну папку я не знаю.
Moodle поддерживает zip-архивы, поэтому все 3 файла архивируешь в zip, при создании ресурса загружаешь архив, распаковываешь, архив удаляешь, файлы используешь по назначению.