Денис, у меня была подобная ситуация и на более мощных системах. Что хочу заметить, если вы работаете под админской учётной записью, для вас грузится очень большое дерево административных настроек, у меня было в режиме админа генерация страницы 3 сек против 0,5 у обычного пользователя. Измеряйте с учётки пользователя.
1 гб озу по моим личным тестам хватит примерно на 10 пользователей постоянно тыкающих что-то в системе. Потом система уходит в ступор, пользователи начинают нервно обновлять страницы ещё чаще, число запросов увеличивается и система уходит в ступор ещё сильнее.
В moodle огромное количество файлов, которые желательно читать быстро. Если есть возможность, докупите маленький ssd диск и поместите на него папки /var/www, moodledata/cache и moodledata/session. Можно вообще всю ubuntu на ssd поставить. Но остальные файлы файлы папки moodledata стоит оставить на медленном носителе.
Поставить акселератор php. Вот вариант из коробки для ubutnu
apt-get install php-apc
добавить в /etc/php5/conf.d/apc.ini строку
apc.shm_size=128M