Hola Edgar,
Si tienes el servicio de PHP ya configurado para que acepte archivos de un tamaño determinado, ya lo que queda es configurarlo en Moodle. En ajustes generales hay una opción para que todos los cursos tengan la limitación máxima o una que tú elijas.
Seguidamente, cada curso se puede configurar para aceptar la subida de archivos de un tamaño coincidente con el máximo habilitado o el tamaño que se especifique.
Esta documentación te puede ser útil: https://docs.moodle.org/all/es/Tamaño_de_archivo_subido
Un saludo
JP