私もこのようなツールがあることを知らずに、スクリプトを作って、ALTER で変換してしまいました。多分、ツールがあるはずだとは思ったいたんですけどね。
% mysql -u moodle -p < moodle_innodb.sql
moodle_innodb.sql の中は、
use moodle;
alter table adodb_logsql engine='InnoDB';
alter table mdl_assignment engine='InnoDB';
alter table mdl_assignment_submissions engine='InnoDB';
alter table mdl_attendance_log engine='InnoDB';
という感じです。もちろん、その前に全ての moodle のテーブルをリストアップしてあります。