おっしゃるとおり，Moodle2.4.3の場合は rawurlencode の追加対応で本問題（flowplayerで日本語ファイルを再生できない）は解消しませんでしたが、もう一方の "urlEncoding: true," の対応（だけ）で本問題は解消しました。
（確認環境：IE8, IE10, Firefox20, Chrome26, Opera12）
どうも有難うございました。大変助かりました。合わせて [MDL-32670] の方も更新してくださり有難うございます。このままソースに取り込んでくれればいいですね。