Hola Allan,
Aquí puede haber dos situaciones.
1) Estamos ante un "bug" catalogado como crítico y aún no resuelto.
2) MySQL tiene cierta variable configurada con un valor bajo y eso afecta la creación de respaldos (la clave de este punto es la leyenda "mysql server has gone away").
En el primer caso -que lamentablemente parece el más probable- no hay más que esperar a que el equipo de desarrolladores realice las modificaciones pertinentes.
Mi visión "pesimista" parte de considerar que en donde dice "12 => ... ", hay muchos caracteres.
En el bug mencionado se indica que ahí puede resisdir el origen del problema.
En el segundo caso -no está de más intentar la solución propuesta- la cosa pasa por incrementar el valor de:
max_allowed_packet
Lo anterior, en el archivo de configuración de MySQL (en Windows, llamado "my.ini").
Finalmente, si estamos ante el bug descrito, lo pertinente es olvidarnos de los backups y realizar un respaldo periódico de todo el sitio, a fin de que el problema no interfiera con nuestra política de respaldos.
Saludos