Hola José,
Yo pienso que este puede ser un problema de JavaScript por el lado del navegador.
Entonces aquí sugeriría hacer pruebas muy elementales como intentar el proceso de subida en varias máquinas, con diferentes navegadores.
Asimismo, me parece conveniente revisar las "consolas" de errores de los propios navegadores.
En Mozilla Firefox, ésta se despliega si presionas simultáneamente las teclas de Ctrl, mayúsculas y la letra J (jota).
Si puedes, elimina primero los errores existentes, vacía el caché del navegador y luego intenta esto de subir archivos.
Una vez que salga el error, revisa los registros de la consola.
Por otro lado, convendría que precisaras si el problema ocurre siempre que intentas subir un archivo o sólo es en un curso específico y con el recurso Scorm.
Y bueno, una última cuestión sería instalar una plataforma temporal en el mismo servidor, a ver si se tiene o no el mismo comportamiento (lo ideal es que fuera la misma versión del sistema con problemas).
Saludos