Hola
Es muy complicado, porque tendrías que crear un nuevo formato de curso prácticamente desde cero que contemplase la utilización de secciones dentro de un tema, ya que actualmente no conozco ninguno que lo contemple. Salvo que tengas mucha experiencia y conocimientos en la programación de Moodle cdescartaría esa posibilidad y buscaría otra forma de enfocarlo.
Un saludo