Oui mais tant pis.
Effectivement la gestion et le classement des documents ont changé dans les versions 2.X.
Cependant, en activant l'ancien système de fichiers, celui marqué obsolète et que l'on trouve dans Administration du site -> Plugins -> Dépôts, il est possible d'utiliser l'ancienne dénomination et de retrouver tous les fichiers transférés lors de la mise à jour.
Normalement, comme la numérotation des cours n'a pas été modifiée non plus par cette maj, la manipulation expliquée plus haut devrait, dans un premier temps, être suffisante, jusqu'à la modification manuelle de toutes les images qui prendront alors la forme du deuxième lien cité.
Vous pouvez éventuellement essayer sur un seul exemple en attaquant directement la base et en remplacant juste "ancien_moodle" par "nouveau_moodle" pour vérifier que le lien se fait bien (à quelques exécutions du cache près), puis devenir plus aventureux en testant la manipulation sur un cours entier en remplaçant "http://ancien_moodle/moodle/file.php/XXX/" par "http://nouveau_moodle/moodle/file.php/XXX/" (XXX étant le numéro ID du cours), enfin après avoir revérifié que l'opération était couronnée de succès, la tenter sur le reste des éléments.
Jérôme.