No es que sea la dura en moodle pero ya llevo un tiempo tratando de personalizar mi sitio moodle y hay cosas que tengo muy en claro pero hay muchas cosas que desconozco tal como lo puedes ver en la cantidad de foros que he habierto para despejar mil dudas. Quiero ayudarte en lo que pueda y si lo que quieres es personalizar tu sitio empieza por un buen tema personalizado, para ello haz copia del tema standarlogo que es el tema que te permite colocar un logo de cabecera, a esa copia llámala con un nombre propio que identifique tu plataforma, en mi caso UFPS (Universidad Francisco de Paula Santander) luego revisa el contenido de ese directorio y encontrarás un archivo que se llama header.html, lo editas y reemplazas logo.jpg por el logo que ya tengas diseñado (es decir, lo que quieras que aparezca en la cabecera de la plataforma, puede ser incluso un flash), guarda cambios y verás que aparecerá tu logo.
Tamién podés cambiar los colores de los bordes de las tablas que encierran las actividades de moodle, los colores de fondo de las tablas, etc, todo de acuerdo al cabezote que utilizas. Esto se maneja desde el archivo config.php del tema que estés personalizando.
Esos dos archivos serán un buen comienzo, cualquier cosa pregunta que para eso estamos para ayudarnos en lo que podamos.
SUERTE!