過去５年について情報提供を頂きながらも回答が遅れたのには訳がありまして．
現在，国内の大学等で稼働しているMoodleサイトを探し回っていました．元にしたのは以前から参考にしています，富山大学の木原先生がまとめたこちらのリスト．基本的にはこちらのリストを上から検索を掛けて調べて回っていった次第です．ただサイトを探すだけならば時間は掛りませんが，各大学のどの部署が担当しているのか（わかる範囲で），その住所，その他の情報もまとめていたため時間が掛りました．
いまのところ１８１校の情報がまとまりました．ただ，中には木原先生のリスト当時はMoodleを使っている先生がいたものの今は移動してMoodleの痕跡も残っていない学校などもあります．まだデータの精度が高くないのですが，近いうちに項目の一部を抜き出したファイルを公開します．それを基にして皆さんからの情報提供（うちの大学が抜けているぞ！など）をお願いしようと思います．
遅れました．
国内でMoodleを利用していると思われる大学のリスト（暫定）が完成しました．
http://www.slideshare.net/tatsuva/moodle-16329847
全学利用103大学，個別利用46大学，学外利用22大学，不使用？29大学．
まだ実態の半分以下なのじゃないでしょうか．
富山大学の木原先生の作成したリストをベースに，Moodle Moot Japan 2011参加者の所属大学を追加して調査を行いました．調査の過程で明らかになった大学も追加しています．
不使用？の大学は，木原先生のリスト作成の段階ではMoodleを試用していたもののその後，サイトが消えてしまったか，あるいはURLが学外から全く見えないなどLMSの存在が全く発見できなかった大学です．学内で使っている場合にはその旨，ご連絡いただければ全学利用の大学リストへ移します．
何はともあれリストを見ていただいて，「おや？」と思う点は何でも結構ですので，こちらに情報提供よろしくお願いします．
了解です．
Googleで「大学名＋moodle」で検索しているため漏れも多いですし，逆に古い年度のMoodleが現れる場合もありました．意外と年度ごとにMoodleのインスタンスを分けている学校が多いですね．
最終的にはExcelの形式で公開します．現在，いろいろと調査過程のコメント（公開できないようなことを書いてあるものも…）が含まれているので，整理がついたところで公開します．
夜中に寝ぼけながらブラウザのURL欄をコピーして回ったので，結構，多く index.htmlやlogin.phpが残っていますね^^; はい，確かに無駄ですし支障がなく表示できるものについては削除を進めています．トップページでコースを公開してくれているものも結構ありますので，ログインページなどではなくサイトのフロントページを示すべきですね．
一方，意外とログインしないとコース一覧が見られない大学も多くあります．eラーニングやってます，とアピールするならばコース一覧は閲覧できた方が良いと思うのですが…．（という私のサイトはログインしないとコース一覧が見えません^^）．
全学利用としている大学の中にもコース一覧が全く見えないものも含まれています．実質は５コースくらいしかないかも…と思いながらも，そこは私の勝手な判断（Moodleの利用を全学生に対してアピールしているか，など）しています．
上田です。国立情報学研究所の「学認連携Moodle講習サイト」を加えていただけませんか？
お役に立てるかどうかわかりませんが、以前興味本位で同様の事を調べていた時に作成したbotを久しぶりに動かしてみました。
国立大学のリストが下記の文科省のサイトにあります。
http://www.mext.go.jp/b_menu/link/daigaku1.htm
ここに記載されているドメインをターゲットに、大学ドメインでmoodleを稼働させ学外に公開している国立大学を探してみたところ、添付の通りの結果となりました。
（botの出力ほぼそのままなので、漏れはもちろん重複がある可能性があります）
公立大学 http://www.mext.go.jp/b_menu/link/daigaku2.htm
公私立短期大学 http://www.mext.go.jp/b_menu/link/daigaku3.htm
私立大学 http://www.mext.go.jp/b_menu/link/daigaku4.htm
国公私立高等専門学校 http://www.mext.go.jp/b_menu/link/koutou.htm
も同様のCSVが手元にあります。
なんとなくタイトルから全学利用、学部・学科レベル、各センターなどの組織単位、研究室、などは読み取れますが、分類はしていないのであまりお役にたてないかもしれません。
大学ドメインで運用するということは、サーバ公開の許可は大学のネットワーク管理者から得ているのだと思いますが、そのサーバでMoodleが動いていることまではネットワーク管理者は気づいていないこともあるので、どこが管理しているMoodleなのか追うのは結構大変ですね。
助かります．
2004年に改定されたJIS X 0408でも大学の一覧は手に入るのですが，膨大な量ですので手作業で検索するのは無理だと思っていたところです．
本校のMoodleサイトもですが，Suzuka Moodleという名前ですので「鈴鹿高専 moodle」では検索に掛からないようです…（私のサイトや私の情報ばかり表示されてしまう，というのも原因かも）．
膨大なデータだったらどうしよう，と思ったのですが，ほどほどの大きさのファイルで助かりました．
手元の資料と照らし合わせて抜けのチェックに利用させていただきます．
高専の調査も並行して行っているのですが，高専，意外と少ないですね．WebClassを１０高専で導入，といったパターンがあったのでMoodleの利用が全学ではないところが多いようです．
同じくほどほどの大きさでしたので、高専のドメインで稼働しているmoodleのうち、発見できたサイトのリストを添付します。
bot出力を変更し、学校ごとにシーケンス番号をつけてソートしやすくしてみました。
件数が少なかったので重複は手動で削ってあります。
全学での導入よりは、学科単位で運用されているものが多いように感じます。
国立大学のドメインで稼働しているmoodleのうち、発見できたサイトのリストについて、高専のcsvと同様にbot出力を変更し、学校ごとにシーケンス番号をつけてソートしやすくしてみました。
判定基準を変えているため、先のcsvとは内容の相違があると思います。参考程度にご利用ください。
参考になります。ありがとうございます。愛媛大学総合情報メディアセンターの佐々木隆志です。
愛媛大学のMoodle http://moodle.lms.ehime-u.ac.jp/ も掲載していただきありがとうございます。
愛媛大学ではこの他にMoodle2に移行する準備のため http://moodle2.lms.ehime-u.ac.jp/ を、e-Knowledgeコンソーシアム四国 (eK4) の大学間単位互換授業のために http://ek4.lms.ehime-u.ac.jp/ を運用しております。
四国以外にもいろいろとコンソーシアム（京都など）がありますね．
このあたりもすこし整理したいと考えています．四国については分からないことがありましたら相談させて頂きます．
同じく、公立大学のドメインで稼働しているmoodleのうち、発見できたサイトのcsvです。
リダイレクトされているサイトと、SSLの自己署名証明書を使用しているサイトは苦手なので、漏れがあるように思います。
同じく、私立大学のドメインで稼働しているmoodleのうち、発見できたサイトのcsvです。
610大学中、123大学で何らかの形で稼働しているmoodleがありました。
私立大学で学校法人が所有しているドメインを利用している場合、系列の学校（短大や専門学校を含む）にサブドメインを割り当てていたり、ディレクトリ毎に異なる学校を割り当てていたり、とやり方が様々なので、大規模な学校法人が運営している大学については大学名の判定が怪しいかもしれません。
短大についてはこのリストと重複するものが多くあったので、公開は止めておきます。
木原先生のリストにはあったのですが、
兵庫大学でもMoodleを運用しています。
大学のサイトのURLが
Moodleのサイトが
http://elearn.humans.hyogo-dai.ac.jp/moodle/
です。
追加していただければ、ありがたいです。
了解です！
情報提供ありがとうございました．
お世話になります。
岡山県の川崎学園より 2件追加をお願いします。
(1) 川崎医療福祉大学 http://www.kawasaki-m.ac.jp/mw/
Keli（全学利用） https://keli-mw.kawasaki-m.ac.jp/moodle
(2) 川崎医療短期大学 http://www.kawasaki-m.ac.jp/jc/
（全学利用） https://jc-els.kawasaki-m.ac.jp/moodle/
以上です。よろしくお願い申し上げます。
情報提供ありがとうございます．
なかなか本格的ですね．やはり情報提供いただかないとこういう立派なサイトをいくつも見落としている予感がします．
あと，これは難しいかも知れませんが，企業や団体で利用しているMoodleの情報もある程度の量，欲しいですねぇ．何か心当たりは無いでしょうか．
企業の一般向けポータルサイトのような使い方で，中小企業も含めて．
企業に関しては、イントラネットにサーバを設置し、外部公開していない利用形態がほとんどではないかと思います。また、用途としてはCMS/ポータルとしてよりはやはり社内研修用などLMSとしての利用が多そうです。
広義の「学校」以外で使われている例を探してみました。
常時一箇所に人があつまっている訳ではない「団体」のサイトや、外部の受講者のために開設されているLMSサイトなどは外部公開されているようですね。（但し、ほとんど要ログインでコンテンツの内容はわからない）
ご迷惑をおかけするといけないので、組織名とサイトのタイトルだけにしておきます。
| （公財）原子力安全研究協会 | 緊急被ばく医療研修 |
| （有）アートアプリケーションシステム | e-ラーニング(社員用) |
| 香川県歯科医師会 | データベースサーバー |
| 金沢電子出版（株） | 金沢電子出版株式会社 Moodle サイト |
| （公財）東京都道路整備保全公社 | インフラeラーニングサイト |
| （株）アメニティコーポレーション | Web学習ツール |
| NPO法人ジェイシーアイ・テレワーカーズ・ネットワーク | JCI Virtual School ～テレワークを目指す人のe-ラーニングシステム～ |
| 倉敷地所（株） | 幹部人材セミナー ポータルサイト |
| （株）キャリアステージ | CareerStage-eシェアナレッジシステム |
| （株）サイバーエージェント | 2012年新入社員研修 |
| 剣武 天真流 | 剣武天真流 オンライン道場 |
| 八尾市消防本部 | 八尾市消防本部教養講座 |
| （一財）山口県建設技術センター | 施工管理 【 e-learning 】 |
| （株）シャインテック | 株式会社シャインテック e-learning サイト |
| （社）全国地質調査業協会連合会 | 事前講習会（e-ラーニング形式） |
これは…なんとも幅広い．
すごい情報です．ありがとうございます．
