Olá Lucas, boa tarde
As configurações da página inicial realmente influênciam na visualização dos cursos, de forma que, se você configurar em Página principal, para exibir a Lista de cursos (uma das opções de exibição), todo mundo que acessar sua página inicial, antes de logar vai ver a lista de cursos.
Se você pretende mostrar alguma informação antes do aluno logar, não deve mostrar a lista de cursos, porque nesta situação ela é comum à todos.
Por outro lado, se após o aluno logar no ambiente, se você quer que ele veja só o(s) curso(s) que ele participa, também não deve exibir em Itens da página principal quando logado a lista de cursos.
Ou seja, pra que o aluno so veja o curso que participa, nas duas opções você não deve mostrar a Lista de cursos.
Qualquer dúvida, vidaldf@gmail.com
Att