Hola
¿Has probado con distintos SCORM y en diferentes cursos? Más que nada por acotar si es un problema del archivo o que afecta a la plataforma. En versiones tempranas de las series 2.0.x y 2.1.x me consta que hubo varios problemas con los paquetes SCORM, que con las versiones actuales se suponen resueltos.
En cualquier caso, el tema de exportar un eXe como página y subirlo a Moodle como recurso tipo archivo (seleccionado el index.html como principal) está comentado aquí:
https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=217132
Personalmente esta es la opción que prefiero usar, a menos que se necesite que el Scorm registre el progreso y califique en el curso, claro.
Un saludo